そんなとき、宇宙空間に異常が認められた。ペリクリーズは偵察ポッドに乗り込み
調査へと向かうが、姿を消すと同時に交信不通となってしまう。
一体、彼に何が起きたのか。宇宙飛行士レオ・デイビッドソン（マーク・ウォルバーグ）は
上官が止めるのも聞かず、宇宙へと飛び出して行く。

  そして、彼もまた消息を絶つことになる。そのレオが気づいたのは、落下するポッドの
なかだった。熱く燃え上がったポッドからどうにか脱出した彼を待っていたのは、
逃げまどう原始的な人間たちと、彼らを狩って楽しむ、話す猿たち。
ふたつの太陽が輝くなぞの惑星は知性を持った猿に支配され、人間はその奴隷として
扱われていたのだ。
　
   そこで、レオは人間の自由と尊厳を守ろうとする反乱軍のリーダー、カルービと
その娘デイナに出会う。 人間を売買する奴隷商人リンボーにより、人間愛護派の
聡明なチンパンジー、アリの元へ売られたレオとデイナは、アリと共に不思議な
古代都市へ避難する。

   しかし密林の中にはそんな彼らをつけ狙うエイプ軍隊のセード将軍と彼の右腕である
ゴリラ戦士のアターの姿があった。 セードは、人間の完全なる服従を目論んでいたのだ。

   レオにはこの星の人間にはない知性、軍人としての統率力も兼ね備えていた。 かくて
彼は立ち上がることになる。自由を求める人間たちのため、平等を理想とする
一部の猿たちのため、そしてレオには希望があった。 オベロン号を捜し、
どうにか故郷・地球へと戻るという諦めきれない想いがあった。

  しかし、そんなレオを待っていたのは、信じられない、この世界の変貌だったのだ！
ついに、レオ・デイビッドソンの偵察ポッド（到達した宇宙船）を発見した。発見の
偵察ポッドは、朽果て百年の時間の経過を思わせる程の時の経過を感じ
させるものであった。そこえ、前記のチンパンジーのペリクリーズの載た偵察ポッドが
時空を越えて、この猿の惑星に不時着する。

  レオ・デイビッドソンは、この宇宙船（偵察ポッド）のすべての時の経過を認識する
計器をこの「猿の惑星」に残し、チンパンジーの「偵察ポッド」に載り現代世界への
生還をこころ見るか、たどり着いた「地球」は、信じられない、変貌だったのだ！