1954年・東京上陸以来、怪獣王ゴジラはエネルギーを狙い、
次々と日本の都市を破壊し続けてきた。
以後「ゴジラの破壊を受けないクリーンエネルギー開発」が日本の
大命題となり、杉浦基彦（伊武雅刀）率いる“クリーンエネルギー・
ファクトリー”が、1996年首都・大阪にプラズマ発電という新たな
エネルギーを開発する。
だが、計画は失敗。またもやゴジラが出現し、発電所を
破壊してしまう。特殊戦闘部隊の面々が命がけでゴジラに
応戦するも、全く通用せず。隊員の１人辻森桐子（田中美里）も
震える手で砲弾を装置するが上手くいかない。その時、桐子の
尊敬する上司・宮川隊長（永島敏行）が発電所のコンクリート片に
押しつぶされ、帰らぬ人となった。
そして2001年、桐子は、首都・大阪破壊にともなって防衛庁内に
設置された＜Ｇ対策本部＞で、対ゴジラ戦闘部隊“Ｇグラスパー”の
隊長になっていた。彼女の目的はただひとつ、「ゴジラを消す」こと。
そのための究極兵器開発に携わっているのが物理学者・吉沢佳乃
（星由里子）だ。ゴジラを単に倒すと、後に放射能汚染を招く。
ならば完全消滅させてしまおうと、すべてを吸い込んで別次元へ
葬り去るブラックホール砲作りに取り組んでいるのだ。
これを直径２ｍに縮小し人工衛星へ搭載するために、
若き発明家・工藤元（谷原章介）と日夜研究を重ねる。
そして、ついに完成を迎えた日、ブラックホール砲は＜ディメンション・
タイド＞と名づけられた。一方、吉沢らが行ったブラックホール実験で、
信じられないことが起こっていた。ブラックホールによって出来た
時空の歪みにより、古代の巨大昆虫の幼虫メガヌロンが
現代日本によみがえってしまったのだ。メガヌロンは水中で
成長するため、地下の水脈を破壊し、湖と化した渋谷で大繁殖。
やがて人類を襲いはじめる。さらに、メガヌロンが羽化して
誕生した成虫メガニューラはゴジラを襲いエネルギーを吸収して、
巨大メガヌロンに注入。体長６０ｍの超翔竜・メガギラスが誕生する！
そしてエネルギーを奪うため、メガギラスのゴジラ攻撃はますます
激しさを増す。
ゴジラ×メガギラス×人類の壮絶な三つ巴の死闘（デス・バトル）。
生き残りをかけた戦いの舞台は東京・お台場。人工衛星に
搭載されたディメンション・タイドがゴジラをめがけて照射された！
人類はゴジラを本当に消滅させることができるのか！？
そして、日本に未来はあるのか？
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